El Jardín Botánico Nacional posee un herbario donde están depositadas aproximadamente 1800 carpetas de 1000 especies de plantas nativas y exóticas. El herbario está organizado por familias, ordenado alfabéticamente y las carpetas montadas de acuerdo al uso internacional en sus dimensiones y etiqueta de identificación. Permanentemente están entrando nuevas especies con dos a cuatro duplicados y se ha enviado material al herbario de la Universidad de Concepción (CONC).

Se pretende llegar a 5000 especímenes con la finalidad de ingresar el herbario al Index Herbarorium (IH) que es un directorio mundial de herbarios públicos, administrado por el Jardín Botánico de Nueva York. Cada herbario aceptado en el IH le es asignado un identificador permanente único en forma de un código de cuatro a ocho letras, una práctica que data de la fundación de IH en 1935.

La oficialización de nuestro herbario en el IH permitirá el uso de nuestros especímenes en revisiones taxonómicas, citas bibliográficas en publicaciones válidas, tesis de todo nivel académico, referencias, etc. y permitirá a los investigadores depositar material.

Nota: No hay listado disponible, por cuanto se están renumerando las carpetas.