El Consejo Directivo de la Fundación delega en la Secretaría Ejecutiva la administración y gestión de la Fundación.

Su misión actual es llevar la supervisión y gestión de la marcha del Jardín Botánico Nacional, junto con generar condiciones de desarrollo para el cumplimiento de los demás objetivos estratégicos de la Fundación como son la creación de nuevos Jardines Botánicos en el país, el apoyo a la consolidación de la Red Nacional de Jardines Botánicos en Chile y la generación de documentación propia para la gestación de normativa que apoye y promueva la Ciencia Botánica en Chile.