El Consejo Directivo es el órgano máximo de la Fundación Jardín Botánico Nacional.

Como una entidad privada sin fines de lucro, regida por el Código Civil, la Fundación fue ideada para flexibilizar la gestión y desarrollo del Jardín Botánico Nacional en 1994 y comenzó sus operaciones oficialmente en 1999. Junto al propósito anterior, tiene como vocación el fortalecimiento y desarrollo de la Ciencia Botánica en Chile.

En su orgánica se dotó de un Consejo Directivo que se integra de la siguiente manera:

Ministro de Agricultura quien lo preside.

Directores Nacionales de INDAP, CONAF e INIA como representantes del Ministerio de Agricultura.

El Alcalde de Viña del Mar

Tres Representantes Privados

Un Secretario Ejecutivo

El Consejo Directivo sesiona a lo menos dos veces por año en dependencias del Jardín Botánico Nacional y su tarea es aprobar los principales planes que conforman la gestión y marcha de la Fundación.